文庫產出低，該不該上機？

①樣本丟失：細胞離心后在EP管中幾乎不可見，棄去上清液時容易造成丟失。建議在細胞離心過程中，將EP管統一方向并標記細胞沉積位置，在沉淀對立面輕輕棄去上清，實驗操作過程中避免劇烈渦旋振蕩。

②不需要很糾結文庫產出，能夠達到上機標準的產出，且文庫峰型符合ATAC文庫峰型，便可以上機測序。增加擴增循環數，反而會導致dup 偏高。

ATAC文庫在進行質檢時，文庫呈現什么樣的分布是正常的分布？

轉座酶會容易與核小體間隔部分的DNA接觸，發生打斷反應。構建成功的ATAC文庫在2100峰圖上會呈現明顯的核小體的pattern特征峰，其中：

第一個在180-200bp的位置，屬于核小體之間的區域（40＋136）bp

第二個在300-400 bp

第三個在500bp左右

如果有第四個會在700bp附近

核小體全長一般在180～200 bp，平均200 bp。其中，140多bp是直接盤繞在組蛋白八聚體核心外面，這些DNA不易被核酸酶消化；其余為核小體間區。不同組織、細胞，同一細胞染色體的不同區段，盤繞在組蛋白八聚體核心外面的DNA長度是不同的，如：真菌的可短至154bp、海膽精子的可長達260bp。

培養細胞進行ATAC-seq時支原體污染嚴重，使用支原體清除劑后，細胞是否能夠繼續進行建庫？

支原體是原核生物，DNA呈裸露狀態，當細胞被支原體感染，進行ATAC-seq實驗時，裸露的DNA會被切割，擴增。使用支原體清除劑清除后，仍會有DNA殘留，進行ATAC-seq實驗捕獲的開放區域占比少。存在污染時，污染會被放大。

Mapping 率低的原因與排查方案？

細胞培養或取樣過程中，有時會出現樣本被外源微生物污染的情況。ATAC建庫基于Tn5轉座酶切斷開放DNA，而微生物基因組暴露程度高，相較真核宿主基因組更易發生轉座反應。即使少量微生物污染，在所得文庫中也會占據較大比例。

可以從以下方面進行排查：①確認細胞培養或實驗過程中有無污染；②確認參考基因組是否選擇正確；③分析unmapping數據比對的物種類型。

Dup Rate 值偏高分析

Dup Rate一般與建庫中的PCR循環數相關。

①PCR擴增帶有一定的偏好性和錯配率，會影響最終形成文庫的覆蓋度和測序準確性；

②PCR本身對于不同GC含量的樣本的擴增效率是不同的，PCR循環越多，擴增困難和擴增容易的片段之間相差就會越大，對應的分子多樣性就會越低，dup就會增大；

③PCR本身在擴增的過程中可能會產生一些堿基的錯配，錯誤的擴增可能會到出現與現有相同基因的結果，導致dup值升高。因此無需為獲得更高的文庫產量而設置過高的擴增循環數。

轉錄起始位點（TSS）附近的信號分布

轉錄活躍的基因的TSS往往處于開放狀態，以保證轉錄因子可以結合。所以，NFR fragments（開放染色質中兩個核小體之間的LinkerDNA片段）應該富集在轉錄起始位點（TSS）附近（圖中黑色實線），而結合核小體的區域在TSS位置應該缺失且在TSS兩側相對富集（圖中紅色虛線）。

ATAC-seq 文庫是否可以兼容華大平臺測序？怎么做？

ATAC文庫可以兼容 Illumina和 MGI測序，且已驗證所分析的下機數據結果一致。

上機測序方案：ATAC文庫構建后，使用轉化試劑轉化為華大文庫，隨后進行環化上機。

測序策略：推薦使用PE150。PE150為雙端測序，SE50為單端測序，由PE150測序所獲得的有效片段信息較SE50更多，因此獲得的數據更優。

05 明星產品

安培生物致力成為推動生命科學進步值得信賴的合作者

深圳/湛江安培生物科技有限公司,是一家具有核心的技術實力、先進的經營管理水平和完善的市場銷售體系的生物高科技企業。總部設在廣東，服務面向全國。安培生物集進口試劑、實驗室耗材銷售、技術服務與合約開發為一體的專業化高科技公司，旨在為生命科學的發展提供較好的產品與服務。本公司建立了涵蓋分子生物學、細胞生物學、免疫學、信號傳導和神經科學等領域的產品供應線，在各個領域內向用戶提供較高的水平和質量穩定的產品，安培生物致力于為廣大的科研機構、高等院校等客戶提供各種產品、技術支持與服務。

可以在第一時間為用戶提供比較先進的專業資訊和完備的產品和物流服務。 專業的技術力量使得我們能夠為廣大用戶提供強大的技術支持，深厚的人脈資源使得我們在全國主要城市擁有眾多的合作伙伴，安培生物非常榮幸能將世界上先進的高科技產品推薦給國內從事生物學領域科研的老師和同仁。作為專業性的產品供應商，公司出資存備了大量現貨，配合優秀的銷售隊伍以及專業的技術支持，隨時為客戶提供服務